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Transferiu-se para o Benfica na temporada 1992/1993, e aí permanceu até a temporada 1996/1997. No final de 1996, o Deportivo La Coruña mostrou interesse e Hélder transferiu-se para o futebol espanhol. As prestações na equipa da Galiza foram positivas até uma grave lesão no joelho obrigar a uma paragem prolongada. Quando recuperou, no ínicio da época 1999/00, motivou o interesse do Newcastle e do seu treinador Bobby Robson, jogando por empréstimo no clube inglês até final da temporada. Regressou ao Deportivo, onde ficou até á época 2001/02.
Em 2002, voltou ao Benfica, onde venceu a Taça de Portugal em 2004, ao Porto, então comandado por José Mourinho.
Teve passagens pelo PSG e pelo Larissa da Grécia, onde encerrou sua trajetória como jogador em 2006, aos 35 anos.
Carreira de treinador
Em Julho de 2009 iniciou a sua carreira como treinador ao serviço do Estoril, clube onde fez a sua estreia como jogador profissional, tendo sido demitido no final de Setembro do mesmo ano, face aos resultados menos conseguidos da equipa.
Selecção
Hélder foi membro da Seleção de Portugal durante nove anos, fazendo sua estreia em 1992, contra a Seleção da Holanda. Marcou o seu primeiro golo no mesmo ano, contra a Áustria.Com Portugal fora dos mundiais de 1994 e 1998 e da Europeu de 1992, Hélder disputou apenas uma competição com a camisa das Quinas: o Europeu de 1996, quando Portugal ficou nas quartos-de-final, e tendo inclusive jogado as quatro partidas da equipa.
Hélder abandonou a carreira internacional em 2001, no amistoso contra a França. Em nove anos envergando a camisa de Portugal, ele disputou 35 partidas e marcou três golos
